منذ استقلال لبنان أي من سنة 1943 إلى سنة 1959، كانت الأوضاع السياسية والاقتصادية للطائفة الشيعية تتنازعها معادلة التوازن بين مختلف الطوائف اللبنانية بحيث بقي الشيعة على الأطراف مهمّشين اقتصادياً واجتماعياً، يحاصرهم الحرمان والبؤس، ويعيشون حول العاصمة بيروت في مجمعات سكنية تفتقر إلى أبسط أشكال الحياة الأساسية، بحيث تحولت إلى مركز أساسي جاذب لكل القوى الريفية المهمشة، الأمر الذي أحدث اختلالاً جذرياً بالأدوار الملقاة على عاتق العاصمة، وأدخل انماطاً ريفية إلى المدينة محمولة بالاعتقاد الديني ومرارة العيش، وشظف الحياة وعدم العدالة الاجتماعية، ورفض سياسة الإقطاع التي كان يمارسها نظام سياسي يرتكز على مبدأ التصنيف الطائفي والمذهبي والمناطقي، ويعتمد في سلوكياته وأدبياته السياسية على الاستئثار بالسلطة والهيمنة على مختلف مرافق الدولة ومفاصلها المالية والعسكرية، في ظل إبعاد شبه كلي للطائفة الشيعية التي كانت تكابد الفقر وصعوبة الحياة، لا سيما في البقاع والجنوب حيث كانت المعاناة كبيرة بسبب تزايد الإهمال وغياب المؤسسات وقصور الدولة في تأدية واجباتها، تجاه المواطنين الشيعة الذين كانوا ضحية تواطؤ مزدوج بين السلطة والنخب المستأثرة بها آنذاك...

في ظل هذه الأوضاع، جاء الإمام الصدر إلى لبنان، وكان ذلك في سنة 1957، ليستقر فيه نهائياً سنة 1959. ويبدأ مسيرته المطلبية والإصلاحية لا سيما في ما يتعلق بحقوق الطائفة الشيعية ودورها الذي كاد أن يكون مغيباً، يؤازره في ذلك بعض المخلصين كان من أبرزهم سماحة آية الله الشيخ عبد الأمير قبلان، ومن أهم ثمرات هذه المسيرة إنشاء المجلس الإسلامي الشيعي، الأعلى، حيث أظهرت الحاجة ضرورة تنظيم شؤون الطائفة من خلال مجلس يرعاها أسوة بباقي الطوائف. 

وبالرغم من المعارضة داخل الطائفة وخارجها، عقد الإمام موسى الصدر مؤتمراً صحفياً بتاريخ 15-6-1966، عرض فيه آلام الطائفة ومظاهر حرمانها، مبيّناً الأسباب الموجبة لإنشاء هذا المجلس. وهكذا أتت الدعوة ثمارها وأقر مجلس النواب اللبناني اقتراح إنشائه بتاريخ 16-5-1967، وبتاريخ 23-5-1969، انتخبت الهيئة العامة للمجلس الإمام موسى الصدر أول رئيس للمجلس وأعلن سماحته عن برنامج عمله الذي تضمن الخطوط الرئيسة الآتية:

-   تنظيم شؤون الطائفة وتحسين أوضاعها الاجتماعية والاقتصادية.
-   القيام بدور إسلامي كامل فكراً وعملاً وجهاداً.
-   عدم التفرقة بين المسلمين والسعي إلى التوحيد الكامل.
-   التعاون مع كافة الطوائف اللبنانية لحفظ وحدة لبنان.
-   ممارسة المسؤوليات الوطنية والقومية والحفاظ على استقلال لبنان وحريته وسلامة أراضيه.
-   محاربة الجهل والفقر والتخلف والظلم الاجتماعي والفساد الخلقي.
-   دعم المقاومة الفلسطينية والمشاركة الفعلية مع الدول العربية الشقيقة لتحرير الأراضي المغتصبة، في إطار استراتيجية عربية موحدة.